Die Ursache des chronischen Müdigkeitssyndroms (CFS) ist bislang nicht geklärt.
Es werden mehrere Theorien diskutiert, die möglicherweise zur Entstehung beitragen können.
Verschiedene Umweltfaktoren sollen auch an der Entstehung des CFS beteiligt sein, der Beweis konnte jedoch noch nicht erbracht werden.
Daneben besteht der Verdacht, dass verschiedene Viren wie das Epstein-Barr-Virus eine Rolle in der Pathogenese spielen. Als mögliche weitere infektiöse Auslöser gelten das Zytomegalievirus, das Parvovirus, Brucellen, Toxoplasmose, Chlamydia pneumoniae und auch Enteroviren
Des Weiteren sollen immunologische Faktoren ebenfalls involviert sein.  

Krankheitsbedingte Ursachen

• Immundefekte
• Infektionen
• Postinfektionelle hormonale Dysregulation – Störung des Hormongleichgewichtes nach einer Infektion
• Psychosomatische Störungen – vor allem bei übertriebener Sorge um die Körperfunktionen
• Psychosoziale Störungen

Umweltbelastung – Intoxikationen (Vergiftungen)

• Chemische Stoffe wie Amalgam oder Quecksilber
• Umweltgifte wie Blei, Cadmium oder Ozon