Es gibt zahlreiche Infektionskrankheiten, die durch Pneumokokken ausgelöst werden können. Dazu zählen vor allem:

Atmungssystem (J00-J99)

• Pneumonie (Lungenentzündung)
• Rhinosinusitis – Entzündung der Nase und der Nasennebenhöhlen
• Sinusitis (Nasennebenhöhlenentzündung)
• Tracheobronchitis – Entzündung der Luftröhre und der Bronchien

Augen und Augenanhangsgebilde (H00-H59)

• Ulkus serpens corneae (Hornhautgeschwür) 

Herzkreislaufsystem (I00-I99)

• Endokarditis (Herzinnenwandentzündung)
• Perikarditis (Herzbeutelentzündung)

Mund, Ösophagus (Speiseröhre), Magen und Darm (K00-K67; K90-K93)

• Appendicitis ("Blinddarmentzündung")
• Peritonitis (Bauchfellentzündung)

Ohren – Warzenfortsatz (H60-H95)

• Mastoiditis – Entzündung des Warzenfortsatzes
• Otitis media (Mittelohrentzündung)

Psyche – Nervensystem (F00-F99; G00-G99)

• Gehirnabszess – abgekapselte Eiteransammlung im Bereich des Gehirns
• Meningitis (Hirnhautentzündung) 

Urogenitalsystem (Nieren, Harnwege – Geschlechtsorgane) (N00-N99)

• Endometritis (Gebärmutterschleimhautentzündung)

Differentialdiagostisch kommen auch andere bakterielle und virale Infektionen in Betracht:

• Bakterielle Erreger
  - Chlamydien
  - Haemophilus influenzae
  - Moraxella catarrhalis
  - Mykoplasmen
• Virale Erreger
  - Adenoviren
  - Humane Coronaviren (OC43, 229E)
  - Influenzaviren
  - Paramyxoviren (im Wesentlichen RS-Virus)
  - Picornaviren (insbesondere Rhinoviren)